Kê khai hóa đơn đầu vào bỏ sót là tình huống thường gặp trong thực tế kế toán thuế. Từ ngày 01/07/2026, Luật Quản lý thuế số 108/2025/QH15 và Nghị định 252/2026/NĐ-CP đã có hiệu lực, làm thay đổi một số căn cứ và thời hạn khai bổ sung. Trong bài viết này, FAST hướng dẫn cách xác định kỳ kê khai, chuẩn bị hồ sơ và xử lý chênh lệch thuế GTGT đầu vào theo quy định hiện hành.
Những điểm chính của bài viết:
|
1. Hóa đơn bỏ sót kê khai vào kỳ nào?
Khi phát hiện hóa đơn đầu vào bị bỏ sót, doanh nghiệp không chỉ nhìn vào ngày phát hiện mà phải xác định sai sót ảnh hưởng thế nào đến tờ khai của kỳ gốc. Nguyên tắc chung là lập hồ sơ khai bổ sung cho kỳ có sai sót; cách xử lý số chênh lệch phụ thuộc vào việc sai sót làm thay đổi số thuế phải nộp, số thuế đề nghị hoàn hay số thuế còn được khấu trừ chuyển kỳ sau.
Cụ thể, có hai trường hợp như sau:
Trường hợp 1: Khai bổ sung kỳ gốc khi làm thay đổi số thuế phải nộp hoặc số thuế đề nghị hoàn
Doanh nghiệp lập hồ sơ khai bổ sung cho đúng tháng hoặc quý có sai sót. Nếu kết quả làm tăng số thuế phải nộp hoặc giảm số thuế đã được hoàn, doanh nghiệp phải nộp phần chênh lệch và tiền chậm nộp nếu phát sinh. Nếu kết quả làm giảm số thuế phải nộp, khoản nộp thừa được xử lý theo quy định về bù trừ hoặc hoàn thuế.
Ví dụ minh họa: Tháng 1/2026, công ty bỏ sót một hóa đơn GTGT đầu vào có giá trị hàng hóa 50 triệu đồng và thuế GTGT 5 triệu đồng. Tờ khai tháng 1 ban đầu xác định số thuế phải nộp là 12 triệu đồng. Khi bổ sung hóa đơn hợp lệ này, số thuế phải nộp của tháng 1 giảm còn 7 triệu đồng. Công ty vẫn phải lập hồ sơ khai bổ sung cho kỳ tháng 1/2026; số thuế đã nộp thừa 5 triệu đồng được xử lý theo quy định về bù trừ hoặc hoàn thuế.
Trường hợp 2: Khai bổ sung kỳ gốc và điều chỉnh chênh lệch khấu trừ trên kỳ hiện tại
Áp dụng khi việc khai bổ sung chỉ làm tăng hoặc giảm số thuế GTGT còn được khấu trừ chuyển kỳ sau, không làm thay đổi số thuế phải nộp hoặc số thuế đề nghị hoàn của kỳ gốc. Doanh nghiệp vẫn lập hồ sơ khai bổ sung cho kỳ có sai sót; sau đó phản ánh số chênh lệch trên tờ khai của kỳ hiện tại. Chênh lệch làm giảm số thuế còn được khấu trừ ghi vào chỉ tiêu [37], còn chênh lệch làm tăng số thuế còn được khấu trừ ghi vào chỉ tiêu [38].
Ví dụ minh họa: Tháng 1/2026, công ty có 10 triệu đồng thuế GTGT còn được khấu trừ chuyển kỳ sau nhưng bỏ sót một hóa đơn đầu vào hợp lệ có thuế GTGT 5 triệu đồng. Đến tháng 5/2026 mới phát hiện, công ty lập hồ sơ khai bổ sung cho tháng 1/2026. Vì sai sót chỉ làm tăng số thuế còn được khấu trừ chuyển kỳ sau, công ty đồng thời ghi 5 triệu đồng vào chỉ tiêu [38] trên tờ khai tháng 5/2026.
Lưu ý về thời hạn khai bổ sung: Theo khoản 5 Điều 12 Luật Quản lý thuế số 108/2025/QH15, từ ngày 01/07/2026 thời hạn khai bổ sung là 05 năm kể từ ngày hết thời hạn nộp hồ sơ của kỳ có sai sót. Người nộp thuế được khai bổ sung trước khi cơ quan có thẩm quyền công bố quyết định thanh tra, kiểm tra; hoặc trong một số trường hợp hồ sơ không thuộc phạm vi, thời kỳ thanh tra, kiểm tra và không thuộc trường hợp cơ quan điều tra yêu cầu tạm dừng khai bổ sung.
Sau khi đã xác định được kỳ cần điều chỉnh, doanh nghiệp cần chuẩn bị đúng hồ sơ và thực hiện quy trình khai bổ sung theo từng bước.
Xác định kỳ kê khai đối với hóa đơn đầu vào bỏ sót theo Luật Thuế GTGT mới
2. Cách kê khai hóa đơn đầu vào bị bỏ sót
2.1. Hồ sơ kê khai bổ sung
Hồ sơ khai bổ sung hiện được thực hiện theo Luật Quản lý thuế số 108/2025/QH15, Nghị định 252/2026/NĐ-CP và biểu mẫu điện tử đang được cơ quan thuế áp dụng. Doanh nghiệp nên kiểm tra phiên bản biểu mẫu trên eTax tại thời điểm nộp. Bộ hồ sơ thông thường gồm:
Tờ khai bổ sung – Mẫu 01/KHBS
Tờ khai này thể hiện kết quả điều chỉnh của hồ sơ khai thuế đã nộp. Người nộp thuế cần kê khai đúng kỳ có sai sót và đối chiếu số liệu với tờ khai GTGT đã điều chỉnh.
Bản giải trình khai bổ sung – Mẫu 01-1/KHBS
Bản giải trình nêu lý do khai bổ sung, các chỉ tiêu thay đổi và số tiền chênh lệch. Trường hợp biểu mẫu hoặc cấu trúc hồ sơ điện tử được cập nhật theo Nghị định 252/2026/NĐ-CP, doanh nghiệp sử dụng phiên bản đang hiển thị trên hệ thống thuế điện tử.
Tờ khai kỳ có sai sót đã được điều chỉnh và tài liệu liên quan
Doanh nghiệp chuẩn bị tờ khai GTGT của kỳ có sai sót sau khi điều chỉnh, hóa đơn đầu vào bị bỏ sót và các tài liệu chứng minh có liên quan như hợp đồng, biên bản giao nhận hoặc chứng từ thanh toán. Tài liệu được đính kèm khi hồ sơ, hệ thống hoặc cơ quan thuế yêu cầu và phải được lưu giữ để phục vụ đối chiếu.
Lưu ý với hàng hóa xuất khẩu, nhập khẩu: Việc khai thuế và khai bổ sung thực hiện theo pháp luật hải quan, không áp dụng máy móc quy trình khai bổ sung thuế GTGT trong nước.
2.2. Các bước thực hiện kê khai
Sau khi chuẩn bị đầy đủ hồ sơ, doanh nghiệp thực hiện theo các bước sau:
Bước 1: Xác định kỳ có sai sót và loại chênh lệch
Đối chiếu tờ khai kỳ gốc để xác định sai sót làm thay đổi số thuế phải nộp, số thuế đề nghị hoàn hay chỉ làm thay đổi số thuế còn được khấu trừ chuyển kỳ sau.
Bước 2: Lập hồ sơ khai bổ sung trên eTax
Truy cập hệ thống Thuế điện tử tại https://etax.gdt.gov.vn, chọn đúng kỳ có sai sót và lập tờ khai bổ sung. Số liệu trên hồ sơ bổ sung phải khớp với tờ khai GTGT đã điều chỉnh và chứng từ liên quan.
Bước 3: Lập bản giải trình khai bổ sung
Nêu rõ nguyên nhân bỏ sót, kỳ khai thuế bị ảnh hưởng, chỉ tiêu tăng hoặc giảm và số tiền chênh lệch. Nội dung giải trình cần thống nhất với tờ khai bổ sung.
Bước 4: Chuẩn bị tài liệu chứng minh
Lưu bản điện tử của hóa đơn điện tử và các chứng từ liên quan để đính kèm khi được yêu cầu; đồng thời bảo đảm dữ liệu gốc có thể tra cứu, đối chiếu.
Bước 5: Nộp hồ sơ và xử lý nghĩa vụ thuế
Nộp hồ sơ qua eTax và theo dõi thông báo tiếp nhận. Nếu hồ sơ làm tăng số thuế phải nộp hoặc giảm số thuế đã được hoàn, doanh nghiệp nộp phần chênh lệch và tiền chậm nộp nếu có. Nếu phát sinh số thuế nộp thừa, thực hiện bù trừ hoặc đề nghị hoàn theo quy định.
Sau khi hoàn tất hồ sơ và nộp tờ khai bổ sung, doanh nghiệp cần lưu ý thêm một số rủi ro thường gặp để bảo đảm quyền khấu trừ thuế và hạn chế sai sót.
3. Lưu ý khi kê khai hóa đơn đầu vào bị bỏ sót
Để bảo đảm quyền khấu trừ thuế và hạn chế rủi ro khi khai bổ sung, doanh nghiệp cần lưu ý các điểm sau:
Những lưu ý quan trọng khi kê khai bổ sung hóa đơn đầu vào bị bỏ sót
Phân biệt hóa đơn đầu vào bỏ sót với hóa đơn điều chỉnh, thay thế
Hóa đơn đầu vào đã lập hợp lệ nhưng bị bỏ sót là sai sót của hồ sơ khai thuế. Hóa đơn điều chỉnh hoặc thay thế là chứng từ được lập để xử lý sai sót của hóa đơn gốc và có quy tắc kê khai riêng. Doanh nghiệp cần xác định đúng bản chất chứng từ trước khi chọn kỳ khai bổ sung.
Kiểm tra phạm vi thanh tra, kiểm tra trước khi khai bổ sung
Theo Luật Quản lý thuế số 108/2025/QH15, người nộp thuế vẫn có thể khai bổ sung trong một số trường hợp hồ sơ không thuộc phạm vi hoặc thời kỳ thanh tra, kiểm tra. Nếu sai sót liên quan đến phạm vi đã được thanh tra, kiểm tra và làm tăng nghĩa vụ thuế hoặc giảm quyền lợi về thuế, doanh nghiệp phải thực hiện thủ tục giải trình theo quy định và có thể bị xử lý như trường hợp cơ quan thuế phát hiện. Vì vậy, không nên tiếp tục viện dẫn Điều 142, Điều 143 của Luật Quản lý thuế 2019 như trong bản cũ.
Lưu ý khi bổ sung số thuế GTGT đề nghị hoàn
Người nộp thuế chỉ được khai bổ sung tăng số thuế GTGT đề nghị hoàn khi chưa nộp hồ sơ khai thuế của kỳ tiếp theo và chưa nộp hồ sơ đề nghị hoàn thuế. Trước khi thực hiện, cần kiểm tra trạng thái hồ sơ trên hệ thống và quy định hiện hành tại thời điểm nộp.
Lưu giữ đầy đủ chứng từ
Hóa đơn, hợp đồng, biên bản giao nhận và chứng từ thanh toán liên quan cần được lưu giữ đầy đủ, bảo đảm có thể tra cứu và đối chiếu khi cơ quan thuế yêu cầu.
Chỉ kê khai hóa đơn hợp pháp và đủ điều kiện khấu trừ
Doanh nghiệp chỉ được khấu trừ thuế GTGT đối với hóa đơn, chứng từ hợp pháp và đáp ứng đầy đủ điều kiện theo quy định. Hành vi mua bán hóa đơn, tạo giao dịch không có thật hoặc sử dụng chứng từ không hợp pháp có thể dẫn đến truy thu, tiền chậm nộp, xử phạt hành chính hoặc truy cứu trách nhiệm hình sự khi đủ yếu tố cấu thành.
Theo dõi đồng thời pháp luật thuế GTGT và quản lý thuế
Luật Thuế GTGT số 48/2024/QH15 có hiệu lực từ ngày 01/07/2025 và tiếp tục được sửa đổi, bổ sung. Từ ngày 01/07/2026, Luật Quản lý thuế số 108/2025/QH15 và Nghị định 252/2026/NĐ-CP có hiệu lực. Doanh nghiệp cần đối chiếu cả quy định về điều kiện khấu trừ thuế và quy trình khai bổ sung trước khi nộp hồ sơ.
Việc xử lý hóa đơn đầu vào bỏ sót cần bắt đầu từ việc xác định đúng kỳ có sai sót, lập hồ sơ khai bổ sung và phản ánh chính xác chênh lệch trên kỳ hiện tại khi thuộc trường hợp chỉ thay đổi số thuế còn được khấu trừ. Để hỗ trợ quản lý hóa đơn, tờ khai và dữ liệu kế toán tập trung, doanh nghiệp có thể tham khảo Fast Accounting Online hoặc Fast Financial của FAST. Phần mềm hỗ trợ giảm thao tác thủ công và thuận tiện hơn khi đối chiếu dữ liệu; doanh nghiệp vẫn cần kiểm tra hồ sơ và quy định pháp luật trước khi nộp.
Thông tin liên hệ:
- Website: https://fast.com.vn/
- Email: info@fast.com.vn
- Fanpage: https://www.facebook.com/PhanMemFAST
- Zalo: https://zalo.me/phanmemfast