Thông tư 90/2026/TT-BTC của Bộ Tài chính quy định chi tiết về đăng ký thuế trong nhiều trường hợp thay đổi tổ chức doanh nghiệp, trong đó có hợp nhất doanh nghiệp.
Theo quy định mới, cả doanh nghiệp bị hợp nhất và doanh nghiệp được thành lập sau hợp nhất đều phải thực hiện thủ tục đăng ký thuế theo trình tự riêng với cơ quan thuế.
Đăng ký thuế đối với doanh nghiệp bị hợp nhất
Khoản 4 Điều 19 Thông tư 90/2026/TT-BTC quy định, các doanh nghiệp bị hợp nhất phải thực hiện thủ tục chấm dứt hiệu lực mã số thuế với cơ quan thuế quản lý trực tiếp.
Hồ sơ chấm dứt hiệu lực mã số thuế được thực hiện theo quy định tại Điều 13 Thông tư 90/2026/TT-BTC.
Sau khi tiếp nhận hồ sơ, cơ quan thuế sẽ thực hiện trình tự, thủ tục chấm dứt hiệu lực mã số thuế của doanh nghiệp bị hợp nhất theo quy định tại Điều 13, Điều 14 và Điều 15 Thông tư 90/2026/TT-BTC.
Như vậy, doanh nghiệp bị hợp nhất không tiếp tục sử dụng mã số thuế cũ sau khi hoàn tất thủ tục hợp nhất.
Doanh nghiệp sau hợp nhất đăng ký thuế như thế nào?
Đối với doanh nghiệp được thành lập sau hợp nhất, Thông tư 90/2026/TT-BTC quy định phải thực hiện đăng ký thuế như một người nộp thuế mới.
Cụ thể, doanh nghiệp sau hợp nhất thực hiện thủ tục đăng ký thuế theo:
- Điểm a khoản 3 Điều 6 Nghị định 252/2026/NĐ-CP.
- Điều 7 Thông tư 90/2026/TT-BTC.
Trên cơ sở hồ sơ đăng ký thuế, cơ quan thuế sẽ thực hiện thủ tục cấp mã số thuế cho doanh nghiệp theo Điều 8 Thông tư 90/2026/TT-BTC.
Điều này đồng nghĩa với việc doanh nghiệp sau hợp nhất được cấp một mã số thuế mới, thay vì tiếp tục sử dụng mã số thuế của các doanh nghiệp bị hợp nhất.
Quy trình đăng ký thuế khi hợp nhất doanh nghiệp
Quy trình đăng ký thuế theo Thông tư 90/2026/TT-BTC có thể tóm tắt như sau:
- Các doanh nghiệp bị hợp nhất thực hiện thủ tục chấm dứt hiệu lực mã số thuế.
- Cơ quan thuế xử lý hồ sơ và chấm dứt hiệu lực mã số thuế của từng doanh nghiệp bị hợp nhất.
- Doanh nghiệp sau hợp nhất nộp hồ sơ đăng ký thuế theo quy định.
- Cơ quan thuế cấp mã số thuế mới cho doanh nghiệp sau hợp nhất.
Doanh nghiệp cần hoàn thành đầy đủ thủ tục chấm dứt mã số thuế của các doanh nghiệp cũ trước khi thực hiện đăng ký mã số thuế cho doanh nghiệp mới.
Doanh nghiệp thành lập mới do hợp nhất có được miễn thuế TNDN 3 năm?
Không.Theo khoản 3 Điều 7 Nghị định 20/2026/NĐ-CP, doanh nghiệp nhỏ và vừa đăng ký kinh doanh lần đầu được miễn thuế thu nhập doanh nghiệp trong 03 năm kể từ ngày được cấp Giấy chứng nhận đăng ký doanh nghiệp lần đầu.
Tuy nhiên, quy định này không áp dụng đối với doanh nghiệp được thành lập mới từ việc:
- Sáp nhập doanh nghiệp.
- Hợp nhất doanh nghiệp.
- Chia doanh nghiệp.
- Tách doanh nghiệp.
- Chuyển đổi chủ sở hữu.
- Chuyển đổi loại hình doanh nghiệp.
Do đó, doanh nghiệp được thành lập mới do hợp nhất doanh nghiệp không thuộc đối tượng được miễn thuế TNDN trong 03 năm đầu.
Những trường hợp không được hưởng ưu đãi miễn thuế TNDN 3 năm
Ngoài doanh nghiệp thành lập mới do hợp nhất, Nghị định 20/2026/NĐ-CP còn loại trừ một số trường hợp khác khỏi chính sách miễn thuế TNDN 3 năm, gồm:
- Doanh nghiệp thành lập mới do sáp nhập, chia, tách hoặc chuyển đổi doanh nghiệp.
- Doanh nghiệp thành lập mới mà người đại diện theo pháp luật, thành viên hợp danh hoặc người có vốn góp cao nhất đã tham gia điều hành hoặc góp vốn tại doanh nghiệp khác đang hoạt động hoặc đã giải thể chưa đủ 12 tháng (trừ trường hợp pháp luật có quy định khác).
- Một số khoản thu nhập không thuộc diện ưu đãi theo Luật Thuế thu nhập doanh nghiệp 2025.
Vì vậy, việc được cấp Giấy chứng nhận đăng ký doanh nghiệp mới không đồng nghĩa doanh nghiệp được hưởng ưu đãi miễn thuế TNDN nếu thuộc các trường hợp bị loại trừ nêu trên.
Doanh nghiệp cần lưu ý gì khi hợp nhất?
Khi thực hiện hợp nhất doanh nghiệp, doanh nghiệp cần đồng thời hoàn tất thủ tục về đăng ký doanh nghiệp và đăng ký thuế theo đúng quy định.
Trong đó, hai nội dung quan trọng là:
- Chấm dứt hiệu lực mã số thuế của các doanh nghiệp bị hợp nhất.
- Đăng ký thuế và được cấp mã số thuế mới cho doanh nghiệp sau hợp nhất.
Ngoài ra, doanh nghiệp sau hợp nhất cần lưu ý không thuộc đối tượng được miễn thuế thu nhập doanh nghiệp 03 năm theo quy định tại Nghị định 20/2026/NĐ-CP, dù là doanh nghiệp được thành lập mới sau quá trình hợp nhất.