Hướng dẫn cách xử lý khi doanh nghiệp có hóa đơn đầu vào từ các đơn vị có dấu hiệu rủi ro cao về thuế và hóa đơn

Ngày 16-5-2023, Tổng Cục thuế ban hành Công văn 1798/TCT-TTKT về rà soát, xử lý hóa đơn không hợp pháp, trong đó công bố danh sách 524 doanh nghiệp rủi ro về hóa đơn và khuyến cáo các doanh nghiệp có hóa đơn đầu vào của các doanh nghiệp này chủ động rà soát và loại trừ các hóa đơn không hợp pháp.

Theo quy định tại Luật Quản lý thuế 2019, Thông tư 31/2021/TT-BTC, Thông tư 219/2013/TT-BTC, tham khảo hướng dẫn xử lý của Tổng cục Thuế tại Công văn 11797/BTC-TCT năm 2014 và các văn bản hướng dẫn liên quan, khi hóa đơn đầu vào từ các doanh nghiệp nằm trong danh sách 524 doanh nghiệp có rủi ro cao về thuế, hóa đơn thì xử lý như sau:

Công văn yêu cầu giải trình việc sử dụng hóa đơn của doanh nghiệp có dấu hiệu rủi ro về thuế

1. Trường hợp hóa đơn phát sinh trước ngày doanh nghiệp bán hàng bỏ trốn

Cơ quan thuế phải kiểm tra xem xét, đối chiếu với hoạt động kinh doanh của doanh nghiệp để xác định có thực tế mua bán hàng hóa, dịch vụ không hay là hành vi mua bán hóa đơn khống để xử lý vi phạm và yêu cầu doanh nghiệp chứng minh, chịu trách nhiệm trước pháp luật việc mua bán. Cụ thể yêu cầu: có hợp đồng mua bán, văn bản chứng từ thanh lý hợp đồng (nếu có), phiếu xuất kho, phiếu nhập kho, chứng từ thanh toán tiền; hàng hóa, dịch vụ mua vào của doanh nghiệp bỏ trốn được sử dụng để phục vụ hoạt động kinh doanh đã bán ra và đã kê khai thuế, có hạch toán kế toán đầy đủ, đúng quy định thì doanh nghiệp được khấu trừ thuế giá trị gia tăng (GTGT) đầu vào theo hóa đơn mua hàng đó và tính vào chi phí khi xác định thu nhập chịu thuế thu nhập doanh nghiệp (TNDN).

2. Hóa đơn phát sinh sau ngày doanh nghiệp bán hàng bỏ trốn

Doanh nghiệp không được khấu trừ thuế GTGT đầu vào và không được tính vào chi phí khi xác định thu nhập chịu thuế TNDN.

3. Trường hợp doanh nghiệp chưa kê khai khấu trừ thuế GTGT

Cơ quan thuế thông báo bằng văn bản cho doanh nghiệp biết để tạm dừng kê khai khấu trừ thuế GTGT đối với các hóa đơn có dấu hiệu vi phạm pháp luật, chờ kết quả chính thức cơ quan có thẩm quyền. Doanh nghiệp chỉ được thực hiện kê khai khấu trừ thuế GTGT đầu vào đối với các hóa đơn không có dấu hiệu vi phạm pháp luật.

4. Trường hợp doanh nghiệp đã kê khai khấu trừ thuế GTGT

Cơ quan thuế thông báo bằng văn bản cho doanh nghiệp biết để kê khai điều chỉnh giảm số thuế GTGT đã khấu trừ

5. Trường hợp doanh nghiệp khẳng định việc mua bán hàng hóa và hóa đơn GTGT đầu vào sử dụng kê khai khấu trừ là đúng quy định 

Doanh nghiệp phải cam kết chịu trách nhiệm trước pháp luật, đồng thời cơ quan thuế phải thực hiện thanh tra, kiểm tra tại doanh nghiệp để kết luận và xử lý vi phạm theo quy định.

6. Trường hợp doanh nghiệp có hóa đơn của doanh nghiệp rủi ro cao về thuế mà chứng minh được việc mua bán có thật, đúng quy định

Doanh nghiệp được khấu trừ thuế giá trị gia tăng đầu vào theo hóa đơn mua hàng đó và tính vào chi phí khi xác định thu nhập chịu thuế thu nhập doanh nghiệp.

7. Trường hợp doanh nghiệp có hóa đơn của doanh nghiệp rủi ro cao về thuế, hóa đơn phát hành nhưng không chứng minh được việc mua bán là có thật 

Phải kê khai điều chỉnh giảm số thuế GTG đã khấu trừ và không được tính vào chi phí được trừ khi xác định thuế thu nhập doanh nghiệp. Ngoài ra tùy vào dấu hiếu vi phạm, cơ quan thuế sẽ xem xét và đưa ra kết luận xem đây có phải hành vi mua bán khống hóa đơn hay không và có quyết định xử phạt tương ứng.

Trong trường hợp này, doanh nghiệp cần lưu ý thực hiện các bước sau:

B1. Gửi hồ sơ giải trình cho cục Thuế

• Cung cấp thông tin liên quan đến các hóa đơn mua vào của các doanh nghiệp rủi ro về thuế.
• Giải trình và cung cấp các hồ sơ, tài liệu…. để làm rõ nguồn gốc và sự vận động của hàng hóa mua vào, bán ra liên quan đến các hóa đơn mà cục Thuế yêu cầu giải trình.
• Giải trình về phương thức thanh toán, cung cấp chứng từ thanh toán qua ngân hàng, sổ phụ ngân hàng.

Lưu ý: Các doanh nghiệp có thể tham khảo mẫu công văn giải trình dưới đây.

[Tải mẫu công văn giải trình]

B2. Loại trừ hóa đơn đã nhận

Không tính vào chi phí hợp lệ khi xác định thu nhập chịu thuế TNDN

B3.  Lập tờ khai bổ sung KHBS thuế GTGT 

Nộp thuế GTGT không được khấu trừ và nộp phạt chậm nộp thuế GTGT (nếu có phát sinh thuế)

B4. Lập tờ khai bổ sung KHBS thuế TNDN

Nộp bổ sung thuế TNDN và nộp phạt chậm nộp thuế TNDN (nếu có phát sinh thuế)

Nhằm bảo vệ trước các rủi ro trong tương lai, các doanh nghiệp cần lưu ý xem xét tra cứu kỹ về tình trạng hoạt động của doanh nghiệp xuất hóa đơn đầu vào và lưu trữ đầy đủ, cẩn thận những chứng từ chứng minh việc mua bán hàng hóa dịch vụ.

Để chứng minh được tính xác thực của hoạt động mua bán hàng hóa, dịch vụ và bị yêu cầu xuất toán chi phí, gây ra thiệt hại về thuế cho doanh nghiệp trong trường hợp cơ quan thuế yêu cầu giải trình.